Eine Publikation der Hochschule Bonn-Rhein-Sieg
Bakteriencocktails unterm Mikroskop
von Marle Thormählen
Bislang beobachten die Forscher eine veränderte Sichttiefe: Michael Schaefer (links) und Mikrobiologe Mark Behnen bei der Probenentnahme in einem Boot auf dem Rheinauensee. Foto: Eva Tritschler
Genauer gesagt passiert dies im Labor von Professor Martin Sieber und seinem Team des Mikrobiom-Centers unter dem Dach des Instituts für funktionale Gen-Analytik (IFGA) im Rahmen einer Bachelor-Arbeit von Michael Schäfer erforscht. In einem Zeitraum von fünf Monaten werden dem See alle vier Wochen Sediment- und Wasserproben an vier Messpunkten entnommen, außerdem wird die Sichttiefe des Wassers beobachtet und gemessen. Es geht darum herauszufinden, ob und falls ja, inwieweit die Beimpfung eine bessere Wasserqualität beeinflusst und der See dadurch auch weniger riecht. Sieht man die eingeimpften Mikroorganismen im Sediment überhaupt noch und wenn ja, vermehren und verändern sich diese? Oder sind sie nach der ersten Beprobung schon wieder weg? Neben diesen Fragen möchte das Team des Mikrobiom-Centers analysieren, wie sich die Mikroorganismen im geimpften Teil des Sees im Gegensatz zum nicht geimpften verändern.
Zusammenarbeit und Probenentnahme
Insgesamt läuft die Entnahme der Proben und die Zusammenarbeit mit der Stadt Bonn und Emico nach Plan. Die ersten 50 Proben wurden von Michael Schäfer unter Anleitung von Dr. Julia Holtel und Martin Sieber bereits durch einen standardisierten Workflow der Mikrobiomanalyse auf Biodiversität untersucht. Dabei geht es darum, wie viele und welche Mikroorganismen vorhanden sind. Hierfür wurden die Bakterien mithilfe eines Shakers definiert sortiert, sodass der Bakteriencocktail bei jeder Probe gleich stark geschüttelt ist.
Verfahren im Labor
Mit der anschließenden Isolierung, Vermehrung und Markierung der DNA über Seuchen beschäftigt sich Michael Schäfer in seiner Bachelor-Arbeit. Die Sequenzierung wurde mittels Next Generation Sequenzing im Labor des IFGA durchgeführt. Um die einzelnen DNA-Stücke zu analysieren und zu benennen, werden sie mit einer bereits vorhandenen Datenbank abgeglichen. Die Daten sind die Grundlage der weiteren Forschung. So kann man bestimmte Bakterien nachweisen. „Angenommen ein Bakterium ist vermehrt in einer Probe und der Teich riecht nicht mehr“, erläutert Sieber, „so deutet die Korrelation darauf hin, dass es eventuell eine Kausalität gibt, die man weiter untersucht, indem man Annahmen aufstellt und weiter forscht.“
Erste Ergebnisse
Bislang beobachten die Forscher eine veränderte Sichttiefe. Sieber: „Ob dies aus der Beimpfung resultiert oder durch jahreszeitlichen Effekt entsteht, können wir erst im Herbst nach der letzten Beprobung sagen.“ Bis dahin werden fleißig weiter Proben gesammelt.
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Artikel vom 28.06.2021
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